El Cuaderno se transforma y se traslada

Este Cuaderno de Cultura Científica ha sufrido una importante transformación: ha mudado su localización, su fisonomía y su andamiaje técnico. La intención de quienes editamos el cuaderno es la de que éste sea un producto atractivo en su integridad, tanto por su aspecto estético como por la calidad e interés de sus contenidos. Por ello, en lo que a los contenidos se refiere, seguiremos manteniendo los mismos criterios y secciones como hasta ahora, y la única novedad ha sido la introducción de una sección –denominada Frontera- a cargo del periodista Antonio Martínez Ron (@aberron), persona bien conocida en internet, por su excelente y reconocida labor de información y divulgación científica.

Por otro lado, en adelante, la cuenta de este cuaderno en la red social tuiter será diferente. Hasta ahora, podían seguirse las actualizaciones a través de la cuenta de la Cátedra de Cultura Científica de la UPV/EHU (@Zientzia), pero la transformación del Cuaderno ha venido acompañada por la creación de una nueva cuenta (@CCCientífica, por Cuaderno de Cultura Científica) que será la vía por la que se publicarán las novedades relativas a este cuaderno en esta red social. La cuenta @Zientzia, se mantendrá como vía de comunicación de la Cátedra, no del Cuaderno, aunque de manera provisional, la actividad de este último se verá reflejada en ella.

Todos estos cambios adquieren pleno sentido dentro de la política de publicaciones de la Cátedra de Cultura Científica de la UPV/EHU. Este Cuaderno se empezó a publicar en junio de 2011, pero ha sido en enero de 2013 cuando ha adquirido su actual esquema de contenidos, tras la incorporación de César Tomé como coeditor.

Desde unos meses antes, la Cátedra, con el apoyo de la Fundación Euskampus, venía publicando un blog de divulgación científica en inglés, Mapping Ignorance, blog que obedece a los criterios de “research blogging” y que, además de la propia actividad divulgativa como tal, pretende ir dando cabida, paulatinamente, a la actividad científica que se realiza en el País Vasco y, en especial, en su Universidad. Este medio de difusión ya cuenta, desde su misma creación, con su propia cuenta en tuiter (@MapIgnorance).

Pues bien, en los próximos días, la Cátedra de Cultura Científica empezará a publicar un nuevo medio en internet; se trata de un blog de divulgación científica en lengua vasca, de carácter generalista, y orientado a satisfacer la demanda creciente de información y divulgación científica en esta lengua. El blog, que se denominará Zientzia Kaiera, tendrá también su propia cuenta en tuiter (@Zientzia_K).

En definitiva, hemos pensado que era el momento de redefinir y redimensionar el esfuerzo de difusión de la ciencia que desarrolla la Cátedra de Cultura Científica, diferenciando con claridad cada uno de los medios.

Los lectores a quienes van dirigidos son diferentes. Las lenguas en que se editan son diferentes. Persiguen satisfacer demandas diferentes. Los contenidos de cada medio son diferentes. A ello obedece la diferenciación en tres medios y la especificidad de sus vías de información. Pero los tres tienen por objeto promover la cultura científica, y haciéndolo manteniendo elevados estándar de calidad.

Los responsables del proyecto esperamos que el producto sea de tu agrado y que sirva para cumplir el objetivo de que la ciencia tenga una presencia creciente entre la gente, desde el entorno lingüístico y geográfico más próximo hasta donde seamos capaces de llegar.

Si bien hemos procurado que este cambio suponga el menor inconveniente posible para los seguidores y suscriptores del Cuaderno, hay cosas que no hemos podido solucionar. Una de ellas es la suscripción por correo, que habrá que renovar en la nueva dirección del Cuaderno. Pedimos vuestra compresión y os rogamos disculpas por los inconvenientes.


Cuando las proteínas son robots

Pirofosfatasa inorgánica. Una de las proteínas analizadas en el estudio. | Imagen: Wikimedia Commons

Pirofosfatasa inorgánica, una de las proteínas analizadas en el estudio. | Imagen: Wikimedia Commons

Las proteínas son moléculas que intervienen en la mayoría de los procesos biológicos que tienen lugar en los organismos vivos. En muchos casos es necesario que cambien de forma, que se muevan, para llevar a cabo muchas de sus funciones. Todos los métodos disponibles hasta ahora para analizar estos movimientos son sumamente caros: se necesitan superordenadores y muchas horas de cálculos. El Departamento de Ingeniería Mecánica de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao ha desarrollado ahora un nuevo método más rápido y preciso basado en la semejanza de los movimientos de robots y proteínas.

Actualmente, el estudio de las proteínas es una de las áreas científicas más activos. Cada vez se incorporan más disciplinas al estudio de la naturaleza y estructura de estas moléculas. Además de la química, la física, la biología, las matemáticas y ahora la ingeniería han encontrado aplicación en este estudio. Gracias a la cooperación del Departamento de Ingeniería Mecánica de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería y CIC bioGUNE, centro de investigación en biociencias, en esta ocasión se han obtenido resultados interesantes: los ingenieros han desarrollado un software capaz de analizar el movimiento de las proteínas más rápido y barato que los programas empleados anteriormente.

Algunas proteínas son estáticas. Son, digamos, los ladrillos que que forman la base estructural de tejidos. Otras, en cambio, trabajan en movimiento, son dinámicas e intervienen en la funcionalidad de las células. La cristalografía de rayos X o la resonancia magnética nuclear son los métodos empleados para analizar las estructuras estáticas. Pero estos métodos no sirven para el estudio de la dinámica de las proteínas, que requieren métodos analíticos y numéricos lo que se traduce en simulaciones por ordenador. Para ello se necesitan superordenadores, y realizar todos los cálculos conlleva días o incluso meses.

La dificultad estriba en la naturaleza del movimiento de las proteínas. Para hacernos una idea, las estructuras de las proteínas poseen una capacidad de movimiento similar a la de un brazo. Pero, mientras el brazo tiene tres articulaciones, las proteínas pueden llegar a tener cientos o miles de ellas, y eso es lo que hace extremadamente compleja la simulación. El grupo de investigación COMPMECH, del Departamento de Ingeniería Mecánica de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Bilbao, ha desarrollado un programa que simplifica el procedimiento. Han observado que el movimiento de las proteínas se asemeja al de un robot, sobre todo al tipo de robot que se emplea en las cadenas de montaje. Precisamente, el grupo de investigación COMPMECH posee gran experiencia en el estudio y simulación de esos mecanismos y ha aplicado los teoremas y algoritmos que usa en ingeniería robótica. Para llevar a cabo el proyecto, los ingenieros han contado con la ayuda de Luis-Alfonso Martínez Cruz, jefe del laboratorio de cristalografía de rayos X del CIC bioGUNE. El objetivo ha sido simular el movimiento de las proteínas con el menor coste computacional posible. Han trabajado con cuatro proteínas para las que han realizado dos tipos de cálculos. Por una parte, cómo se mueven las proteínas mientras cumplen sus funciones, y, por otra, cómo llegan a su estructura tridimensional característica, ya que es esta estructura propia de cada proteína la que le confiere sus propiedades funcionales y a la que se llega por un plegamiento complejo de secuencias de aminoácidos lineales.

El hecho de haber simplificado el método para analizar el movimiento de las proteínas facilitará el trabajo de los investigadores. Por ejemplo, tras observar mediante una simulación cuánto se expande o contrae una proteína al interaccionar con una determinada molécula, se puede saber qué otros compuestos tienen la geometría adecuada para producir la misma interacción. Así, se podrían encontrar nuevos compuestos que en esa interacción bloqueen la proteína, evitando con ello que ejecute su función, como hacen algunos medicamentos. Un mejor conocimiento de la dinámica de las proteínas permitirá conocer con mayor detalle los procesos biológicos en general y desarrollo de ciertas enfermedades como el cáncer o el alzhéimer.

Referencia:

Mikel Diez, Víctor Petuya, Luis Alfonso Martínez-Cruz, Alfonso Hernández (2011) A biokinematic approach for the computational simulation of proteins molecular mechanism. Mechanism and Machine Theory DOI: 10.1016/j.mechmachtheory.2011.07.013

Edición realizada por César Tomé López a partir de materiales suministrados por UPV/EHU Komunikazioa


“Reflexiones tras treinta años de investigación sociológica” por Javier Elzo

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Este texto de Javier Elzo apareció originalmente en el número 7 de la revista CIC Network (2010) y lo reproducimos en su integridad por su interés.

Dando por buena la ortodoxia investigadora en la producción de datos (muestra representativa –cuestión mucho más importante que el tamaño muestral–, cuestionario honesto –en las cuestiones seleccionadas y rechazadas, en el orden de las preguntas, en el significado neutro de las mismas, en la no inducción a la respuesta correcta, en la secuencia en un mismo tema en el interior del cuestionario…–, test piloto suficiente, etc.), encuestadores competentes e ideológicamente controlados, nos acercamos al tratamiento informático que, en la actualidad, es uno de los pasos más seguros y menos manipulables del proceso investigador. A condición de que la introducción de datos sea realizada por personal ajeno al equipo investigador, así como la primera salida de datos. Estas normas elementales garantizan unos resultados válidos y fiables. De ahí en adelante, la pericia y honestidad de los investigadores será clave.

A la hora de reflexionar sobre la responsabilidad del científico hacia la sociedad, cuestión que motiva estas líneas, varias son las cuestiones que cabe abordar y que resumo aquí en dos: las relaciones entre patrocinador e investigador, en primer lugar, pues va a determinar hasta dónde se investigue; y las modalidades de traslado de los resultados de lo investigado a la comunidad científica y a la sociedad, en segundo lugar.

Muchas investigaciones en ciencias sociales se realizan por encargo de un patrocinador. Este puede ser público o privado, mediante concurso libre de aspirantes o por adjudicación directa, con variantes y matizaciones que sería largo y prolijo explicar.

De hecho, en la adjudicación de la investigación hay diferentes modalidades en las que cabe entretenerse. Pero lo que aquí deseamos trasladar, por razones de espacio, son dos puntos concretos del proceso de relaciones entre el patrocinador y el investigador: la libertad del investigador en la ideación, planeamiento y ejecución de la investigación, por un lado, y la forma como los resultados obtenidos se transmiten a la sociedad, a través de los medios de comunicación social, de los congresos, conferencias, publicaciones, etc., por el otro.

Vamos a abordar estas reflexiones basándonos en nuestra propia experiencia investigadora en sociología de estos últimos treinta años, básica, pero no exclusivamente, desde la Universidad de Deusto.

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